Concernant Lyon 2, l'UNEF note la facturation de frais de dossier et de sélection (30 euros) pour les candidats en deuxième année de master. Cela concerne 16 cursus. A Lyon 3, 25 euros sont demandés au même titre pour les candidats aux "droits et techniques des affaires". De plus, l'université demande 39 euros pour utiliser le matériel informatique.Si Lyon 3 soutient que ce coût est facultatif, ce n'est pas l'avis de l'Unef. Enfin, toujours à Lyon 3, un étudiant en master 2 "droit et fiscalité du marché de l'art" est obligé de s'inscrire aussi en "professions du marché de l'art", et donc de payer 875 euros.
Le rectorat a contacté les deux présidents d'université pour souligner le caractère illégal des frais d'inscription supplémentaires, et s'assurer que ces frais soient remboursés. Les deux présidents s'y sont engagés. Lyon 2 avait déjà été épinglée pour des frais d'inscription illégaux en 2008.