Le CPER (Contrat de projet Etat-Région) est un accord qui engage l'Etat et la Région sur 7 ans qui concerne le financement de programmes d'enseignement et de recherche. En 2007, l'Etat s'était engagé à verser 231 millions d'euros dans ce programme tandis que la contribution de la Région devait s'élever à 237 millions d'euros au cours des 7 années de contrat. Pourtant, d'après Le progrès, les crédits 2011 accordés par l'Etat vont être réduits de moitié. Certains projets pourraient du coup être retardés.