Le Beaujolais serait particulièrement touché avec notamment des traces de pesticides interdits en raison de la durée de leur impact sur l'environnement. Autre problème, des traces de nitrate ont été décelées dans des rivières du secteur ainsi que dans le Lauragais. L'agence précise que 4 000 tonnes de pesticides sont commercialisées chaque année dans les bassins Rhône-Méditerranée et Corse.