Le prêtre, actuellement recteur de l'université catholique de Lyon, a été nommé secrétaire général de la Conférence des évêques de France, un poste qu'il occupera dès le 1er juillet 2019.
Thierry Magnin ne pouvait plus continuer à l'université catholique de Lyon, le renouvellement de son mandat débuté en 2011 arrivait légalement à son terme. Son remplaçant à la tête de la fac basée à Perrache dans les anciennes prisons n'est pas encore connu.