Dans son jugement, le tribunal administratif de Lyonsouligne notamment un problème dans la gaine d'extraction et de désenfumage située dans la cuisine du restaurant du sixième étage de l'opéra, ce qui provoque "l'encrassement anormal de certains segments des réseaux d'extraction". Du coup, en s'appuyant sur le rapport d'expertise, le tribunal a condamné cinq entreprises à verser 113 000 euros à la ville de Lyon. Il s'agit d'Etudes de design et d'architecture (EDA), dirigée par Jean Nouvel, mais aussi de Setec Bâtiment, Gentilini&Berton, Jacques et Installation Thermique Lyonnaise. Ces entreprises devront également supporter les frais d'expertise, et payer 1 500 euros au titre de frais de justice.
Depuis sa rénovation par l'architecte Jean Nouvel de 1986 à 1993, l'opéra de Lyon a connu plusieurs problèmes techniques. En février 2000, il avait dû fermer en urgence à cause de cintres du décor défectueux. Une autre fois, une plaque de la verrière du dôme était tombée. De plus, sa rénovation avait coûté près de 5 fois plus cher que prévu initialement : 73 millions d'euros contre 15 millions d'euros.