L’Etat devrait s’engager à hauteur de 201 500 €/an sur trois ans, revenant ainsi aux termes initiaux de la loi de réussite éducative, qui prévoyait un financement de l’établissement jusqu’à 2014. L’engagement est toutefois en diminution de 35 % par rapport à 2010. Le Département pourvoit à hauteur de 40 000 €/an au coût de fonctionnement de l’Internat. Ces deux sommes différenciés des 1,7 millions d’€ du budget annuel d’Adolphe Favre, il restera un peu plus de 1,45 millions d’€ à la charge de la municipalité. Une somme qui pourrait toutefois être revue à la baisse, puisque l’établissement va « revoir les modalités d’admission (...) en recentrant l’accueil des enfants sur les jeunes Lyonnais scolarisés en école élémentaire. » Favre ne devrait donc plus accueillir des élèves du collège, qui représentent une dizaine de pensionnaires sur les 70 que compte l’établissement.